El Gen S

Desde Gara traemos a ustedes un retrato del panorama actual en Euskal Herria de la emergencia sanitaria provocada por el SARS CoV-2:

¿Está Euskal Herria preparada para buscar nuevas cepas?

Una deleción del gen S de la cepa inglesa permite monitorizarla con suma facilidad a través de un tipo concreto de PCR. La detección de cepas sudafricanas o brasileñas es manifiestamente mejorable.

Aritz Intxusta

Euskal Herria no es autónoma para secuenciar los virus. Su capacidad de secuenciación masiva es muy limitada. En Nafarroa, las muestras de infecciones sospechosas de nuevas cepas tienen que remitirse a los laboratorios del Instituto Carlos III de Madrid o al Fisabio de Valencia. Estos laboratorios están siendo sometidos a enorme presión y tardan semanas en completar su tarea. La saturación es tal que no pueden secuenciar muestreos al azar de la presencia de cepas potencialmente peligrosas.

En Hego Euskal Herria no se han identificado casos de las variantes brasileña o sudafricana, pero esta última se está transmitiendo en un nivel bastante alto en el Estado francés y ya ha llegado a Ipar Euskal Herria. Y la muga es demasiado porosa como para suponer una barrera creíble.

 Que no se hayan detectado casos de la cepa sudafricana no quiere decir que no haya, porque la capacidad de monitorización es precaria. Si no se trata de una reinfección, de un brote muy virulento o transmisible o se establece un vínculo con otro caso de una de estas variantes problemáticas directamente ni se mira, debido a lo complejo, lento y costoso de la técnica.

La cepa británica, por contra, no solo ha sido identificada, sino que ha echado raíces bastante profundas en la CAV y se está propagando a enorme velocidad en Nafarroa. No se trata de casos aislados, sino que la cepa se está imponiendo a las otras variantes autónomas. En Nafarroa la prevalencia en el día de ayer fue del 18,36%. Hace solo tres semanas, estaba por debajo del 5%.

Por suerte –literalmente, por suerte– existe un sistema sencillo que permite distinguir a la cepa inglesa con una prueba PCR, sin acudir a una secuenciación masiva. No es certera del todo, pero su fiabilidad supera el 95%. Una PCR indica si entre el batiburrillo de genomas que existe en cada muestra hay rastros del ARN del coronavirus. Dice sí o no y si hay mucho o poco. Obviamente, en cada bastoncillo hay muestras de otros organismos que no son coronavirus. Sin embargo, la prueba PCR (RT-PCR, en realidad) puede confirmar si entre todo ese material había algún SARS.

La PCR que se usa para buscar la cepa inglesa no certifica la presencia de las 30.000 letras que componen el genoma vírico, sino que se fija en tres genes: REP, N y S. La cepa inglesa tiene la particularidad de que esta prueba da positivo para los genes REP y N, pero negativa en el gen S.

«La variante inglesa, además de otras variaciones, tiene una deleción de dos aminoácidos en la proteína S. Es decir, ha perdido seis letras del gen S. Casualmente, uno de los oligonucleótidos que utilizaban para detectar el gen S en la PCR de diagnóstico reconocía esa parte del gen. Por eso, cuando hacen PCR de la variante inglesa ven que es positiva para otros genes del virus pero negativa para el gen S», explica Isabel Sola, codirectora del laboratorio de coronavirus del CSIC.

Sola afirma que es posible que otras variantes del virus den negativo en el gen S, pero que en los estudios que se han realizado en Reino Unido, en un 99% de las ocasiones, el resultado se correspondía con casos de la variante británica.

Nafarroa, ante la crecida alarmante de casos de variante inglesa lleva día sometiendo a más de la mitad de los casos a estas PCR. Por tanto, cuando informó ayer que el 18,36% de los casos pertenecen ya a la cepa ingles, lo hizo con gran precisión.

En la CAV hay dos infraestructuras que pueden hacer secuenciaciones masivas: Biocruces y BioDonostia. Pese a ello, el Departamento de Salud de Lakua, que es transparente como un muro de hormigón, no ha especificado su método de rastreo de cepas.

Por su parte, consejera de Salud navarra confía en mejorar sus rastreos mediante la adquisición de nuevos reactivos, aunque no descarta ser autónoma para secuenciar «a futuro».

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